O Instituto Uniemp está dividido em dois núcleos temáticos:

Indústria Farmacêutica - Agência de Gestão de Inovação Farmacêutica (Agif).
Gestão Pública - para parcerias com os órgãos governamentais.
Outras áreas - havendo necessidade, novos organismos podem ser criados para desenvolver novos programas.